梯(ti)度(du)PCR通(tong)過在(zai)同(tong)壹反(fan)應中(zhong)設(she)置不(bu)同退火(huo)溫(wen)度(du),可快速確定引(yin)物(wu)與模板(ban)結(jie)合的(de)條(tiao)件,顯(xian)著提升(sheng)實驗(yan)效(xiao)率(lv)。以下(xia)從溫度範(fan)圍設(she)定、梯(ti)度間(jian)隔選(xuan)擇及優化(hua)策略三(san)方(fang)面,提供科(ke)學合理的(de)方(fang)案設(she)計(ji)指(zhi)南(nan)。
壹、溫度(du)範(fan)圍設(she)定:基(ji)於引(yin)物(wu)與模板(ban)特性(xing)
退火(huo)溫(wen)度(du)範(fan)圍需(xu)覆蓋(gai)引(yin)物(wu)與模板(ban)的(de)理(li)論(lun)結(jie)合溫度(du)(Tm值(zhi))。通(tong)常,退火(huo)溫(wen)度(du)設(she)為Tm值(zhi)-5℃,最(zui)高退火(huo)溫(wen)度(du)設(she)為Tm值(zhi)+10℃。例如,若(ruo)引(yin)物(wu)Tm值為(wei)58℃,則(ze)溫度範(fan)圍可設(she)為53-68℃,確保(bao)覆蓋(gai)所有可能(neng)的(de)有效(xiao)退(tui)火(huo)溫(wen)度(du)。
若(ruo)引(yin)物(wu)Tm值差(cha)異(yi)較大(da)(如>2℃),需(xu)以高Tm引(yin)物(wu)為基(ji)準調(tiao)整(zheng)範(fan)圍,避免(mian)低Tm引(yin)物(wu)在(zai)高溫下無法(fa)結(jie)合。對於(yu)GC含(han)量(liang)高(>60%)或(huo)長(chang)片段(>1kb)的(de)模板(ban),可適(shi)當提高溫度上限(如+15℃),以減少非特異(yi)性結(jie)合。
二、梯(ti)度(du)間(jian)隔選(xuan)擇:平衡(heng)效(xiao)率(lv)與精(jing)度
梯(ti)度(du)間(jian)隔需(xu)兼顧(gu)檢測(ce)精(jing)度與實(shi)驗(yan)效(xiao)率(lv)。常規間(jian)隔為(wei)1-2℃,可覆蓋(gai)大(da)多數引(yin)物(wu)的(de)退(tui)火(huo)溫(wen)度(du)。例如,在(zai)53-68℃範(fan)圍內設(she)置16個(ge)梯度(間(jian)隔1℃),可精(jing)準定(ding)位(wei)溫度(du)。
若(ruo)時(shi)間(jian)或(huo)試劑有限,可采(cai)用2-3℃間(jian)隔,但(dan)需(xu)擴大(da)溫度範(fan)圍(如50-70℃),以確保(bao)覆蓋(gai)條(tiao)件。對於新引(yin)物(wu)或(huo)復(fu)雜模板(ban),建(jian)議初始使用1℃間(jian)隔,後(hou)續優化時(shi)可放(fang)寬至2℃。
三(san)、優(you)化(hua)策略:結(jie)合電泳與數據分析
實驗(yan)後(hou)需(xu)通(tong)過瓊(qiong)脂糖凝(ning)膠電泳分析產物(wu)。退火(huo)溫(wen)度(du)對應的(de)條(tiao)帶應單壹、明亮(liang),無雜(za)帶或(huo)拖尾。若(ruo)多(duo)個(ge)溫度下均出現(xian)目(mu)標(biao)條(tiao)帶,選(xuan)擇最(zui)高溫度(特異(yi)性最(zui)佳(jia));若(ruo)無(wu)條(tiao)帶,需(xu)降低溫度(du)範(fan)圍或(huo)重新設(she)計(ji)引(yin)物(wu)。
此(ci)外,可結(jie)合熔(rong)解(jie)曲線分析(若(ruo)使(shi)用熒光(guang)定量(liang)PCR儀(yi)),通(tong)過峰形(xing)判(pan)斷特異(yi)性。溫度下(xia),熔(rong)解(jie)曲線應為(wei)單壹尖銳(rui)峰(feng),無(wu)多峰或(huo)寬峰。